Изменения числа копий ДНК при раке молочной железы в зависимости от возраста - по руководству США
Изменение количества копий ДНК на соматическом уровне во многом определяет строение геномов РМЖ. Установлено, что при РМЖ на долю изменения числа копий приходится 85% изменений в экспрессии. Увеличение количества копий при онкогенезе и уменьшение числа копий генов-супрессоров опухоли приводят к возникновению и росту опухоли и влияют на исход лечения.
Следовательно, изучение таких изменений может способствовать пониманию характеристик РМЖ у молодых женщин и помочь объяснить относительно неблагоприятный прогноз.
В 2007 г. Yau и соавт. опубликовали первое исследование, целью которого было изучить особенности РМЖ с учетом возрастного фактора по методу транскриптомного профилирования и профилирования числа копий.
Исследователи провели ретроспективное изучение историй болезни 71 пациентки с ER-позитивным РМЖ: у 27 женщин РМЖ был диагностирован в молодом возрасте (не старше 45 лет), а у 44 женщин — после 70 лет. На транскриптомном уровне исследователи обнаружили несколько генов, связанных с развитием рака, экспрессия которых в когортах была неодинаковой.
При этом у молодых женщин экспрессировалось больше генов клеточного цикла и происходило более чем 3-кратное превышение уровня фактора роста амфирегулина, а у пациенток старшего возраста были выявлены более высокие уровни четырех разных генов гомеобоксов (НОХ) в дополнение к ER (ESR1).
При сравнении двух возрастных групп исследователи использовали сравнительные данные по геномной гибридизации. Никаких существенных различий во фракции измененного генома или на отдельных характерных участках найдено не было. Однако исследование имело некоторые ограничения, например небольшой размер образцов и включение данных только по ER-позитивному РМЖ.
Кроме того, методика, использованная для анализа числа копий, предполагала геномные чипы низкой плотности (всего 2464 зонда; для сравнения — в настоящее время используют 900 тыс. зондов).
В ходе недавнего анализа с использованием аналитических методов компьютерного моделирования на основе открытых данных из Атласа ракового генома (TCGA) Azim Jr. и соавт. обнаружили, что РМЖ у пожилых пациенток характеризуется гораздо большим изменением количества копий. Скорее всего, этот факт можно объяснить нормальным накоплением изменений числа копий в генах-пассажирах по мере старения женщин.
Кроме того, исследователям удалось установить более высокую частоту фокальной делеции участка хромосом 6q27 у молодых пациенток. Ранее эту особенность связывали с агрессивными опухолями.
