Грибковые менингиты наблюдается редко. Отличить их от других подостро протекающих форм менингита при жизни, как правило, невозможно, так как найти грибки непосредственно не удается. В отношении всюду встречающегося криптококкоза (cryptococcosis) дифференциально-диагностическое указание может дать одновременно имеющаяся кожная язва (входные ворота грибков) или одновременное неясное поражение легких .(вторые возможные входные ворота).
Особенно труден дифференциальный диагноз при менингитах, сопутствующих гнойным процессам в непосредственной близости от мозговых оболочек (отит, синусит, остеомиелит и т. д. как внецеребральные очаги и абсцесс мозга, солитарный туберкул и гумма как внутричерепные очаги), если сопутствующие менингиты дают только умеренный плеоцитоз (полинуклеарный, лимфоцитарныи и смешанноклеточный) и умеренное увеличение белка. Дифференциальную диагностику надо проводить поэтому особенно с туберкулезным менингитом и различными вирусными и лептоспирозными менингитами. Неясный плеоцитоз в ликворе при наличии септического процесса всегда подозрителен на сопутствующий менингит.
При всех неясных менингитах поэтому обязательно исследование отоларингологом состояния ушей и придаточных полостей носа.
Надо также всегда учитывать менингиты, сопутствующие энцефалитам иной этиологии, чем полиомиелиты. Однако со времени затухания летаргического энцефалита Экономо первичные энцефалиты встречаются теперь редко. Энцефалиты, являющиеся осложнением, например, после вакцинации, кори, коклюша, септико-пиемических заболеваний и т. д., дифференцируются без затруднений, если выявлено основное заболевание. От менингита энцефалит отличается наличием очаговых симптомов. Результаты люмбальной пункции сами по себе дифференциации не помогают, так как они могут быть совершенно идентичными при обоих заболеваниях, которые к тому же часто и сочетаются.
Haussmann в Германии провел серологическое обследование в 490 случаях энцефалита, resp. острых воспалительных заболеваний нервной системы. В 276 (56,3%) случаях при этом этиологический диагноз остался невыясненным. Причин появления японского энцефалита, американского энцефалита Сан-Луи, а также западного и восточного лошадиных энцефалитов не установлено. В Средней Европе, по-видимому, играют роль энцефалитогенные клещевые вирусы, наличие которых точно установлено в Англии (Louping ill). Они, возможно, ответственны за некоторые этиологически неясные эндемические менинго-энцефалиты с высоким плеоцитозом в ликворе (1000-3000/3).
Японский В энцефалит до сих пор в Европе не наблюдался, но возможно, что его найдут также и здесь при особых условиях (передвижении на самолетах). Согласно собранным в Корее наблюдениям, он характеризуется затемнением сознания, маскообразным лицом, замедленной речью, нистагмом, плеоцитозом в ликворе, ускоренной РОЭ (свыше 30 мм в час) и замедленным развитием специфических антител, связывающих комплемент, так что диагностический титр нарастает только после 6 недель.