Термины геномики и молекулярной генетики. Определения
Клон: рекомбинантная молекула ДНК, содержащая ген или другую интересующую последовательность ДНК. Использование: «изолировать клон» или «клонировать ген».
кДНК: синтетическая молекула ДНК, полученная с помощью обратной транскриптазы, специального фермента ДНК-полимеразы, использующей информационную РНК (мРНК) как шаблон; используется как для описания однонитевой копии, так и ее двухнитевого деривата. Использование: «клон кДНК», «библиотека кДНК» или «выделение к ДНК».
Хозяин: микроорганизм, используемый для изолирования и размножения рекомбинантной молекулы ДНК, обычно бактерии Escherichia coli или дрожжи Saccharomyces cerevisiae. Использование: «На каком хозяине клонировали кДНК?».
Гибридизация: действие двух комплементарных однонитевых молекул нуклеиновых кислот, формирующее связи согласно правилам спаривания оснований (аденин с тимином или урацилом, гуанин с цитозином), что приводит к образованию двойной молекулы. Использование: «зонд гибридизирован с последовательностью гена».
Библиотека: коллекция рекомбинантных клонов известного источника, содержащего ген, кДНК или другую интересующую ДНК-последовательность. В принципе, библиотека может содержать всю ДНК или последовательность кДНК, представленную в исходной клетке, ткани или хромосоме. Использование: «библиотека кДНК мышцы» или «геномная библиотека человека».
Лигирование: формирование фосфодиэфирных связей, соединяющих две молекулы ДНК с помощью фермента ДНК-лигазы. Использование: «фрагменты лигированы».
Микроматрица (микрочип, биочип, англ. microarray): выполненная из стекла, пластмассы, или силиката плашка в виде матрицы, на которой индивидуально определяют множество различных нуклеиновых кислот. Микрочипы используют для гибридизации с зондами, состоящими из сложных смесей кДНК или геномной ДНК, для измерения экспрессии гена или количества копий ДНК.
Нозерн-блоттинг: техника, при которой фильтр с переведенной на него после гель-электрофореза РНК используется для определения ее размера; названо как каламбур к методике Саузерна (Northern — «северный»), фамилия автора которой (Southern) переводится как «Южный» (см. ниже); также действие по получению такого фильтра и гибридизации его со специфическим зондом. Использование: «чтобы изучать Нозерн-блоттинг» или «проведен Нозерн-блоттинг».
Олигонуклеотид, или олигомер: короткий участок нуклеиновой кислоты, от нескольких пар до нескольких десятков пар оснований, часто синтезированный химически. Количество пар оснований нередко записывают как число с суффиксом «мер»: 20-мер.
ПЦР: ферментное умножение фрагмента ДНК, расположенного между парой праймеров. Использование: «Я выделил фрагмент, используя ПЦР».
Праймеры (для ПЦР): два олигонуклеотида, по одному для каждого конца целевой последовательности, разработанные так, что один из пары комплементарен сегменту ДНК в одной нити двойной молекулы ДНК, а второй — сегменту в другой нити. Специфическая пара праймеров служит для инициации синтеза ДНК в ходе реакции ПЦР. Использование: «Я разработал праймеры для ПЦР».
Зонд: клонированная молекула ДНК или РНК, помеченная радиоактивной или иной меткой, используется для идентификации комплементарной последовательности методом молекулярной гибридизации. Использование: «зонд бета-глобина».
Количественная ПЦР: техника, которая измеряет в реальном времени увеличение в объеме продукта, получаемого в ходе ПЦР. Темп увеличения может быть использован как мера объема шаблона в начале ПЦР; часто называется qPCR.
Эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы): ферменты, распознающие специфические последовательности ДНК и расщепляющие ее в этом или около этого места (сайта рестрикции). Использование: «расщепление ферментами рестрикции», или просто «расщепление рестриктазами», или «рестриктаза EcoRI».
Саузерн-блоттинг: техника, при которой ДНК переносит на специальный фильтр, обычно после обработки ферментами рестрикции и гель-электрофореза для разделения фрагментов по размеру (назван по фамилии разработчика техники Эда Саузерна, его фамилия переводится как «Южный»); также действия по созданию такого фильтра и гибридизации его со специфическим зондом. Использование: «при изучении Саузерн-блоттинга» или «они провели Саузерн-блоттинг».
Вектор: молекула ДНК, в которую клонирован ген или другой интересующий фрагмент ДНК; результирующая рекомбинантная молекула способна копироваться в конкретном хозяине. Примеры включают плазмиды, бактериофаги X и ВАС. Использование: «клонирующий вектор».
Вестерн-блоттинг: фильтр, на который после гель-электрофореза переведены белковые молекулы для разделения их по размеру; в переводе означает «западный», назван так по аналогии с Саузерн-(«южный») и Нозерн-(«северный») блоттингами; также действия по получению такого фильтра и обработке его специфическими антителами. Использование: «для изучения Вестерн-блоттинга», или «выполнен Вестерн-блоттинг».
