Контрольные вопросы по микробиому человека в терапии
1. Какой из следующих методов позволяет оценить функции микробного сообщества in situ?
A. Секвенирование последовательности ампликона гена 16S рибосомальной РНК кодирующей области.
B. Посев бактерий на агар МакКонки.
C. Определение метаболитов методом масс-спектрометрии.
D. Определение систем секреции III типа методом ПЦР.
E. Секвенирование методом дробовика суммарной ДНК фекальных образцов.
Ответ С. Существует несколько способов определения состава и функций сообщества микроорганизмов. Непосредственная оценка функций требует подробного исследования микробных РНК-транскриптов, белков и метаболитов в среде. Анализ гена 16S или секвенирование методом дробовика могут описать состав, но не функции, хотя последний и может дать представление о потенциальной функции, но не об актуальной in situ.
Селективное культивирование или выявление специфических генов способны предсказывать функциональное состояние небольшого подмножества микроорганизмов в рамках сообщества, но не всего сообщества целиком.
2. Какое из следующих наблюдений подтверждает, что микробиом имеет каузальную связь с приведенным заболеванием?
A. У пациентов с ВЗК отмечается снижение разнообразия фекальной микробиоты по сравнению с ЗЛ группы контроля.
B. У мышей-гнотобионтов, дефицитных по IL-10, колит не развивается до их колонизации фекальной микробиотой мышей дикого типа.
C. В фекальных образцах у пациентов с раком толстой кишки наблюдается повышенное количество Fusobacterium nucleatum по сравнению с ЗЛ группы контроля.
D. У детей с дебютом СД-1 отмечается снижение видового разнообразия микробиоты по сравнению с их здоровыми сиблингами.
E. Успешное лечение рецидивирующей инфекции Clostridium difficile сопровождается снижением относительного количества Escherichia coli в фекальных образцах.
Ответ В. Проведено много исследований, показавших наличие ассоциаций между изменениями микробиома и тем или иным заболеванием. Наличие причинной связи, однако, сложно доказать, так как многие из этих исследований сравнивают группы лиц с заболеванием и без него. Такие кросс-секционные исследования способны показать различия между этими двумя группами, но являются ли эти различия результатом измененных на фоне заболевания условий среды обитания микроорганизмов, повлекшими изменения в сообществе, или свидетельствуют об истинной причинной связи, установить невозможно.
Так, за исключением ответа В, все варианты исследований характеризуют изменения, возникающие после появления заболевания.
3. Что из перечисленного не является потенциальной функцией микробиоты ЖКТ?
A. Определение пола развивающегося плода.
B. Изменение сывороточной концентрации ЛС.
C. Повышение общего количества энергии, вырабатываемой от употребленного в пищу крахмала.
D. Стимулирование развития иммунного барьера слизистых оболочек.
E. Продукция биоактивных аминов.
Ответ А. Метаболические возможности микробиоты очень широки. Катаболические пути могут включать метаболизм ЛС и пищевых веществ, также микробиота способна к продукции биоактивных аминов, оказывающих влияние на организм хозяина. Кроме того, микробиота стимулирует формирование эпителиальных барьеров и иммунного ответа. Однако нет никаких указаний на способность микробиоты изменять генетически обусловленный пол развивающегося плода.
4. Какой из следующих видов лечения служит примером таргетной коррекции микробиома?
A. АБ-профилактика после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.
B. Блокада ФНО-а у пациентов с болезнью Крона.
C. Подготовка кишечника полиэтиленгликолем перед ФКС.
D. Наложение отводящей колостомы после резекции толстой кишки по поводу ЗНО.
E. Фекальная трансплантация в связи с рецидивирующей инфекцией С. difficile.
Ответ Е. Воздействие на микробиоту, несомненно, оказывают многие виды лечения. Применение АБ, помимо воздействия на патогены, оказывает негативное влияние на местную микробиоту и является причиной большинства случаев внутрибольничной инфекции С. difficile. Подготовка кишечника к инструментальным исследованиям и хирургические вмешательства на ЖКТ также изменяют его микробиоту.
Хотя ВЗК ассоциированы с нарушениями кишечной микробиоты, блокада ФНО-а подразумевает прямое подавление воспалительного ответа. Единственным методом лечения, направленным на коррекцию микробиома в терапевтических целях, является фекальная трансплантация по поводу рецидивирующей инфекции С. difficile.
