Как и в других местах обитания, значительная часть общей микробиоты полости рта пока не поддается культивированию и, следовательно, для описания общего видового богатства микробиома полости рта необходимы некультуральные методы.
Анализ последовательности 16S рРНК был методом выбора из-за ее универсального присутствия во всех организмах, а также потому, что с помощью конструкции ПЦР-праймера можно описать либо все виды организмов, присутствующих в данном образце, либо представителей исследуемых родов. Применение данного подхода привело к описанию 13 типов в домене Bacteria микробиома человека в полости рта: Actinobacteria, Bacteroidetes, Chlamydiae, Chloroflexi, Euryarchaeota, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochetes, SR1, Synergistetes, Tenericutes и TM7 в дополнение к метаногенным видам рода Methanobrevibacter из домена Archaea.
Рисунок 6. а — Ассоциации поддесневых видов. Разные цвета в пирамиде представляют собой различные бактериальные комплексы, которые часто обнаруживаются в сочетании друг с другом. Основание пирамиды представляет собой раннюю стадию развития налета, в то время как вершина содержит последние виды в установившейся микробиоте. Красный комплекс бактерий включает микроорганизмы, часто связанные с участками пораженного периодонта. (Источник: Socransky & Haffajee, 2002. Воспроизводится с разрешения John Wiley & Sons).
б — Круговые диаграммы средних процентных значений положительных ДНК-зондов микроорганизмов разных групп в наддесневом налете. Образцы зубного налета у пациентов со здоровым пародонтом (58) и с пародонтитом (136), а также образцы поддесневого налета у пациентов со здоровым пародонтом (189) и с пародонтитом (635). Эти виды были сгруппированы в семь групп микроорганизмов в соответствии с описанием Socransky et al. (1998) и более подробно представлены на рис. а.
Категория «другие» представляет зонды для видов, которые попадают в комплекс, а также зонды к новым видам, чьи отношения с другими видами до сих пор не установлены. Площади круговых диаграмм были скорректированы по средним значениям от общего количества ДНК-зондов на каждом из участков образца. Значимость различий средних значений в процентном отношении над- и поддесневых комплексов в здоровом и пораженном пародонте тестировали с использованием теста Крускала Уоллиса. Все комплексы значительно отличались в разных группах (р<0,001 после корректировки в семи сравнениях).
Несколько сотен различных видов содержатся в пределах этих таксономических разделов, представляющих весьма разнообразные микробные сообщества полости рта. Микробиота пародонта чрезвычайно гетерогенна, и только в этой среде обитания было описано более 400 видов с использованием 16S рРНК амплификации, клонирования и метода секвенирования Сэнгера (Dewhirst et al., 2010). Эти молекулярные исследования значительно расширили число потенциальных патогенов пародонта.
К примеру, на основе анализа 16S рДНК поддесневых образцов налета у здоровых субъектов и субъектов с неподдающимся лечению пародонтитом, пародонтитом взрослых, пародонтитом при ВИЧ и остром НЯГ, Paster et al. (2001) описали несколько новых видов бактерий. Эти виды или филотипы, обычно обнаруживаемые при болезни, но редко в здоровом состоянии, включают Eubacterium saphenum, Filifactor alocis (ранее Fusobacterium alocis), Catonella morbi, Megasphaera spp., Dialister spp. и Selenomonas sputigena, и было доказано, что некоторые из этих организмов, в частности F. alocis, положительно ассоциированы с пародонтитом. Данные результаты были подтверждены в других исследованиях.
