Существуют различные методы, позволяющие выявлять генетические мутации. Блоттинг по Саузерну, описанный выше, используют для определения крупных геномных мутаций. В других методах применяют ПЦР-амплифицированную или клонированную ДНК Мутации могут быть обнаружены непосредственно с помощью секвенирования (определения первичной структуры макромолекул ДНК) или с использованием радиоизотопных и флюоресцентных систем.
Они также могут быть выявлены при сравнении последовательности опухолевой ДНК с ДНК, выделенной из нормальных тканей, или путем сравнения с последовательностью нормальной ДНК, описанной в литературе (например, в базах данных, размещенных в Интернете).
Анализ конформационного полиморфизма одноцепочечной ДНК — радиоизотопная методика определения мутаций, основанная на изменении формы (конформации) мутантной ДНК, которые могут быть выявлены при электрофорезе. Для этого нормальную и опухолевую ДНК клонируют с помощью ПЦР, денатурируют и исследуют с помощью гель-электрофреза. Мутантная ДНК меняет свою конформацию, принимая форму, отличную от нормальной, и приобретает отличную от нормальной подвижность при электрофорезе.
Эти изменения легко определяются при радиоавтографии. Рисунок ниже иллюстрирует методику анализа конформационного полиморфизма одноцепочечной (однонитевой) ДНК.
Виды и механизмы генных мутаций
Денатурационная высокоэффективная жидкостная хроматография — новый метод выявления мутаций, не требующий применения радиоактивных веществ. При этом исследовании нормальную и опухолевую ДНК амплифицируют (клонируют) с помощью ПЦР, смешивают и денатурируют для образования смеси одноцепочечных молекул ДНК. Затем проводится медленный отжиг, в результате которого вновь образуется двунитевая ДНК.
При спаривании нити нормальной ДНК с нитью опухолевой в месте мутации происходит нарушение спаривания — так называемый гетеродуплскс. Этот гетеродуплекс обладает температурой плавления, отличающейся от таковой для нормальной и опухолевой ДНК, т. с. гомодуплексных молекул, и благодаря этому его можно легко определить с помощью хроматографии.
Другие методы выявления мутаций — денатурирующий градиентный гель-электрофорез, аллель-специфический олигонуклеотидный анализ и аллель-специфическая амплификация — основаны на выявлении разницы в последовательностях нормальной и опухолевой ДНК.
Каждый из этих методов (за исключением прямого секвенирования) представляет собой средство скрининга на наличие мутации, но не определяет ее тип или характер нарушения последовательности. В настоящее время разработаны приборы и методы, позволяющие исследовать крупные фрагменты генома и экспоненциально повышающие наши возможности в выявлении мутаций.
К ним относятся молекулярно-генетический анализ ДНК (microarray analysis) с помощью генных чипов, или биочипов, и трансгеномная система WAVE DNA Fragmentation Analysis System, разработанная в Калифорнии компанией Transgenomic.
Анализ конформации однонитевой ДНК.
Слева - нормальные аллели имеют одинаковую последовательность и, соответственно, одинаковую конформацию, образуют две одинаковые полоски.
Справа представлен мутантный аллель. Темный и светлый отрезки имеют несколько различающуюся последовательность и в связи с этим мигрируют в геле с разной скоростью.
В результате образуются четыре полоски. Эта техника чувствительна для определения различий в несколько пар оснований.
