Дополнительная этическая сложность возникает, когда генетическое тестирование проводят у детей, поскольку теперь основные принципы биоэтики должны соблюдаться как в отношении ребенка, так и его родителей. Есть несколько причин для того, чтобы родители захотели проверить своих детей на предрасположенность к болезни.
Обследование бессимптомных детей на аллели, предрасполагающие к болезни, может быть полезным, даже жизненно важным, если доступны вмешательства, уменьшающие смертность или увеличивающие продолжительность жизни. Один из примеров — обследование бессимптомного сибса ребенка с недостаточностью MCAD.
Тем не менее существует точка зрения, что даже если в настоящее время медицинская помощь для пораженного ребенка отсутствует, необходимо сообщить об этом родителям, чтобы подготовить детей к возможности развития тяжелой болезни. Родители могут обратиться за этой информацией для планирования семьи или чтобы избежать возможных разрушительных эффектов сокрытия важной информации от их детей. Тестируемые дети, тем не менее, имеют те же риски психологических нарушений, социального отчуждения и дискриминации по страхованию здоровья и трудоустройству, что и взрослые.
Автономность детей и их право принимать решение о своей собственной генетической конституции также следует соотносить с желанием родителей получить такую информацию.
Другая, но связанная проблема возникает при обследовании детей на состояние носительства болезни, что не предполагает какую-либо угрозу для их здоровья, но устанавливает риск иметь больного ребенка. При этом снова дискутируется соотношение между автономностью детей относительно их собственного деторождения и желанием со стороны благонамеренных родителей обучить и подготовить детей к трудным решениям и рискам, возможным при достижении ими возраста деторождения.
Преобладающее мнение среди биоэтиков: до тех пор, пока не доказана явная польза для оказания медицинской помощи ребенку, генетическое обследование бессимптомных детей на болезни с поздним началом или носительство болезни следует проводить, только когда ребенок достаточно взрослый и зрелый, например в конце юности или в молодости, чтобы самому решать для себя, нуждается ли он в таком обследовании.