Сравнительная геномная гибридизация - comparative genome hybridization (CGH). Особенности
Небольшие делеции и дупликации отдельных сегментов ДНК (менее 2 мегабаз), невидимые в обычных метафазных препаратах хромосом, — важные дефекты, приводящие к синдромам врожденных пороков и развитию рака. Такие мелкие аберрации в большом числе сегментов ДНК могут быть выявлены благодаря применению другой флюоресцентной техники, сравнительной геномной гибридизации (англ. comparative genome hybridization — CGH).
CGH используют для измерения различий в количестве копий между двумя образцами ДНК или дозировки конкретного сегмента ДНК.
Одна из быстро развивающихся технологий CGH высокого разрешения называется матричной CGH. При этом методе весь образец ДНК из одного источника (тест) помечают красной флюоресцентной краской, а другой (контрольный) образец — зеленой краской.
Два меченных образца ДНК смешивают в равных количествах и проводят гибридизацию с микроматрицей, содержащей до 100 000 и более однонитевых олигонуклеотидов, соответствующих различным уникальным последовательностям генома человека.
Уникальные последовательности выбирают так, чтобы они были равномерно распределены (менее чем через 30 килобаз) по всему геному. Соотношение красной и зеленой флюоресценции, излучаемой ДНК, гибридизировавшейся с олигонуклеотидными зондами в каждой позиции, позволяет оценить преобладание конкретного сегмента ДНК, представленного этим олигонуклеотидом, в испытываемом образце по сравнению с контролем.
Если ДНК конкретного региона хромосомы представлена одинаково в двух образцах, исследуемых CGH-методом, соотношение красной и зеленой флюоресценции в сигнале будет 1:1.
Однако если, например, ДНК нормальной линии клеток помечена зеленым красителем, а ДНК с одной или тремя копиями этого сегмента помечена красным, то соотношение красного и зеленого флюоресцентного сигнала в точке с олигонуклеотидным зондом, соответствующим такой последовательности из мутантной области, сдвинется от 1:1 к 0,5:1 в случае одной копии и к 1,5:1 при наличии трех копий этого участка.
CGH-метод особенно полезен для обнаружения изменений в дозе генов в опухолевых тканях по сравнению с нормальными тканями того же больного. CGH-матрицы также успешно используют для поиска цитогенетически необнаруживаемых делеций и дупликаций у некоторых пациентов, наблюдаемых в генетических клиниках, с необъяснимыми пороками развития или умственной задержкой при нормальном хромосомном анализе, проведенном стандартным методом.
Кроме того, метод CGH позволил обнаружить в популяциях человека ранее недооцененную нормальную вариабельность числа копий определенных сегментов ДНК, известную как количественный полиморфизм.
