Инфекции, вызванные синегнойной палочкой, плохо поддаются антибиотикотсрапии, что обусловлено множественной резистентностью, в том числе передаваемой R-плазмидами. Резистентность к антибиотикам обусловлена двумя основными механизмами — блокадой транспорта препарата к внутриклеточной мишени и его инактивацией бактериальными ферментами. Блокаду транспорта обеспечивает строение клеточной стенки синегнойной палочки, инактивация антибиотиков обусловлена способностью синтезировать бета-лактамазы, апетилтрансферазы и нуклео-тидазы, ииактивирующие аминогликозиды.
Профилактика синегнойной инфекции особенно сложна, так как возбудитель устойчив к действию многих антисептиков и дезинфицирующих средств. P. aeruginosa способна синтезировать факторы, нейтрализующие некоторые дезинфектанты. Однако бактерии чувствительны к действию дезинфицирующих средств, содержащих хлор, и быстро погибают под действием высокой температуры и давления (при кипячении или автоклавировании).