Вирус гепатита С (HCV) идентифицирован в 1989 году американскими исследователями под руководством М. Houghton, когда была выделена нуклеиновая кислота при экспериментальном заражении шимпанзе и в дальнейшем получена ДНК-копия, которую использовали для создания библиотеки клонов. Скрининг образцов из этой библиотеки позволил выявить клон, экспрессирующий антиген, который реагировал с антителами из сывороток людей, больных посттрансфузионным гепатитом ни А ни В.
Далее был получен рекомбинантный белок, который содержал последовательность из 363 аминокислотных остатков вирусного белка. Эту последовательность обозначили как С-100-3 и использовали в качестве антигена при создании иммуноферментной тест-системы.
Геном вируса гепатита С представлен однонитевой позитивной линейной молекулой РНК, состоящей из 9379 оснований и кодирующей полипротеин из ЗОН аминокислот, который под действием вирусных и клеточных протеаз нарезается на отдельные вирусные белки. Таксономический анализ выявил принадлежность вируса гепатита С к семейству Flaviviridae самостоятельному роду Hepacivirus.
Вирус гепатита С относится к гепатотропным вирусам, но при этом доказана возможность его внепеченогной репликации, в частности в мононуклеарах крови. Весьма важным свойством этого вируса является способность ускользать из-под иммунного надзора «immune escape virus». В основе этой способности лежит перманентное и быстрое изменение антигенной структуры, в результате чего вирус воспроизводит себя не в каком-либо постоянном антигенном варианте, а целой серии близких, но в то же время иммунологически различных штаммов.
Одновременное существование вируса гепатита С в инфицированном организме в виде множества постоянно изменяющихся антигенных вариантов полугило наименование «quasispecies», то есть кажущихся разновидностей. В отличие от HBV механизм интеграции в геном хозяина вирусу гепатита С не присущ.
Проведенный анализ нуклеотидных последовательностей изолятов вируса гепатита С различных частей его генома сделал возможным классификацию этого вируса. Наиболее удобной в настоящее время является номенклатура P. Simmonds et al, 1993, основанная на анализе последовательностей области NS5. Эта классификация, а также разработанная примерно в это же время система Н. Okamoto et al., 1992 стала общепринятой. К наиболее распространенным в мире генотипам вируса гепатита С относят: la, lb, 2а, 2b и 3а. Эти генотипы распространены в странах Западной Европы и в Америке, причем преобладающим является генотип lb.
Совсем другое распределение генотипов HCV в странах центрального Востока и Северной и Центральной Африки. Генотип 4, главным образом 4а, доминирует в Египте, Йемене, Кувейте, Ираке, Саудовской Аравии, Заире, Бурунди, Габоне. На юге Африке наиболее часто встречается генотип 5а, который в других частях мира находили исключительно редко. Генотип 3 выявлен в странах Западной Европы, в Сингапуре, Таиланде, Мьянме и Восточной Индии. Всего выделено 9 подтипов третьего генотипа HCV.
В России также проведены исследования по определению структуры генотипов ВГС, циркулирующих в различных ее регионах. Наиболее часто — 60-70 % случаев определен генотип HCV lb. Далее следуют генотипы За, 1а, и 2а. Так, в 1998 году Е. В. Лисицина во Владимирской области выявила следующую структуру генотипов HCV: lb — 72,9 %, 2а — 2,9 %, 2Ь — 2,9 % и За — 15,7 %. В 5,7 % случаев с имеющимся набором праймеров генотип определить не удалось.
При этом было отмечено, что у лиц различного возраста структура генотипов различается. У лиц в возрасте 7-14 лет генотип It и За выявлен с одинаковой частотой —42,9%. Среди лиц старше 50 лет генотип lb выявлен в 90% случаев, тогда как За не определен вовсе.
Особенности распространения отдельных генотипов позволили обозначить их по региону доминирующего распространения. Так, генотип 1а условно называют «американским», генотип lb —«японским». Превалирование генотипа HCV 2с в Италии и среди итальянцев, живущих в других странах, дали основания считать его «итальянским». Е. И. Самохвалов, С. Н. Кузин, С. О. Вязов, Д. К. Львов изучали «итальянский» генотип 2с вируса гепатита С на территории России.