Стратегия генетического картирования. Совершенствование молекулярных технологий
Важнейшей задачей молекулярной генетики применительно к медицине является идентификация генов наследственных заболеваний человека и выявление конкретных повреждений в них, приводящих к развитию фенотипических проявлений болезни. Эта задача может Пить выполнена с помощью нескольких основных подходов.
Первый подход к идентификации генов, остававшийся ведущим приблизительно до начала 90-х годов, базируется на имеющейся информации об основном биохи мическом дефекте (первичном белковом продукте гена), характеризующем изучаемую болезнь [Шишкин С.С.Калинин В.Н., 1992; Gardner E. et al., 1991; Collins R, 1995].
Переход от белкового анализа на уровень ДНК осуществлялся через секвенирование очищенного белкового продукта и получение ДНК-зондов, использование моноклональных антител и с помощью некоторых других методических приемов. Хромосомная локализация гена в данной схеме поиска является конечным результатом исследования. Описанный подход, использующий ту или иную предварительную информацию о функциональном значении искомого гена, получил название «функциональное клонирование» [Collins E, 1995].
Примером успешного применения функционального клонирования является идентификация гена фенилкетонурии. К сожалению, данный метод может быть применен лишь к весьма ограниченному кругу заболеваний человека, тогда как для большинства наследственных болезней первичные продукты гена или патогномоничные биохимические маркеры неизвестны.
Совершенствование молекулярных технологий привело к созданию принципиально иной стратегии поиска гена, не требующей каких-либо предварительных знаний о его функции или первичном биохимическом продукте. Данная стратегия предполагает идентификацию гена на основании точного знания его локализации в определенном хромосомном локусе — «позиционное клонирование» (менее удачный термин «обратная генетика») [Collins E, 1992; 1995; Davis M. et al., 1993].
Позиционное клонирование ведет к установлению молекулярной основы болезни «от гена к белку» и включает следующие основные этапы:
1) картирование гена болезни в определенном участке конкретной хромосомы (генетическое картирование);
2) составление физической карты изучаемой хромосомной области (физическое картирование);
3) идентификация экспрессирующихся последовательностей ДНК в изучаемой области;
4) секвенирование генов-кандидатов и выявление мутаций в искомом гене у больных лиц;
5) анализ структуры гена, расшифровка последовательности и первичной структуры его продуктов - мРНК и белка [Leppert M, 1990; Gardner E. et al., 1991; Cantor С, Smith С, 1993; Collins R, 1995].
В ряде случаев позиционное клонирование гена облегчается при обнаружении у больных видимых цитогенетических перестроек или определяемых делеций в критической хромосомной области, позволяющих значительно повысить точность картирования мутантного гена. Выявление таких перестроек способствовало, в частности, успеху в клонировании генов миодистрофии Дюшепна/Бекера, нейрофиброматоза 1-го типа, туберозного склероза, адренолейкодистрофии и других наследственных заболеваний нервной системы.