Одним из приложений блот-гибридизации по Саузерну является диагностика мутаций, характеризующихся изменением «дозы гена». При наличии делеции или дупликации гена в гетерозиготном состоянии соответствующие полосы на радиоавтографе будут характеризоваться уменьшением или увеличением интенсивности и площади сигнала, что можно зафиксировать визуально либо оценить количественно с помощью денситометрии полученного изображения. Определение дозы гена возможно и на основе технологий количественной ПЦР [Heid С. et al., 1996], позволяющей оценивать количественный состав продуктов амплификации (как правило, для этого применяются автоматические секвенаторы и соответствующее программное обеспечение).
Использование блот-гибридизации в ряде случаев позволяет выявить патогенетически значимые нуклеотидные изменения в составе интронов, которые пропускаются при обычных методах скрининга кодирующей области гена.
В последние годы технологии прямой ДНК-диагностики вышли на качественно новый уровень в связи с появлением методов так называемого параллельного молекулярно-генетического анализа, позволяющих проводить одновременный мутационный скрининг большого числа образцов и значительно ускорить выявление мутаций в изучаемых генах [Yershov G. et al., 1996; McKenzie S. et al., 1998; Syvanen A., 1999].
К ним относятся уже упоминавшееся автоматическое секвенирование (осуществляемое на специальных приборах с флюоресцентными методами детекции и компьютерным анализом нуклеотидных последовательностей), технология капиллярного электрофореза, метод мультиплексного аллель-специфического диагностического анализа, праймер-продлевающее «минисеквенирование», использование ДНК-биочипов и целый ряд других новейших разработок.
На последнем из названных методов следует остановиться чуть подробнее. ДНК-биочип представляет миниатюрную гелевую пластину, в ячейки которой с помощью специальных методов нанесен упорядоченный набор из десятков и сотен иммобилизованных коротких олигонуклеотидов. Данные олигонуклеотиды специфически гибридизуются с разнообразными флюорохромно-мечеными молекулами ДНК, а результат реакции фиксируется с помощью флюоресцентной микроскопической техники и анализируется с использованием соответствующего компьютерного программного обеспечения.
Применение на практике технологии ДНК-биочипов может позволить проводить автоматизированный и эффективный анализ большого числа известных мутаций и полиморфизмов, осуществлять быстрое секвенирование крупных фрагментов ДНК, а также одномоментно анализировать экспрессию большого числа генов в изучаемой ткани в заданный интервал времени, что сулит поистине уникальные возможности в изучении основ функционирования генома [Yershov G. et al., 1996; Brown P., Botstein D., 1999].
Многие методы параллельного молекулярно-генетического анализа находятся пока в стадии разработки, однако не вызывает сомнений, что они в самое ближайшие время будут внедрены в практику работы широкого круга специализированных диагностических лабораторий, сделав процедуру мутационного скрининга при большинстве наследственных заболеваний рутинной операцией.
Видео методика и принципы ПЦР (полимеразной цепной реакции) в диагностике