Генетика
  Домой Медицинский фото атлас Психология отношений Медицинские видео ролики Медицинская библиотека Консультация врача  
Генетика:
Генетика
Аномалии хромосом
Биология клетки
Генетика врожденных пороков
Генетика рака - опухолей
Молекулярная генетика
Цитогенетика - исследование хромосом
Лечение наследственных болезней
Фармакогенетика
Рекомендуем:
Необходимое:
Книги по медицине
Видео по медицине
Фотографии по медицине
Консультации врачей
Форум
 

Профилирование экспрессии генов и кластеризация сигнатур опухоли

Геномика уже оказывает большие влияние на диагностическую точность и оптимизацию терапии при раке. В этой секции мы опишем, как для диагностики и лечения опухолей используют один из видов геномной технологии — профилирование экспрессии.

Предположим, у нас есть множество образцов тканей из разных опухолей и мы хотим разработать чувствительный метод, чтобы различать эти типы опухолей в будущих образцах. Для одновременного измерения уровней экспрессии мРНК некоторых или всех из приблизительно 25 000 генов человека в любом образце ткани относительно стандартного образца может использоваться метод CGH.

Измерение экспрессии мРНК в образце создает профиль экспрессии генов, специфичный для этого образца. На рисунке изображена гипотетическая идеализированная ситуация для восьми образцов, по четыре на каждый из двух типов рака, А и В, профилированных по 100 разным генам. Профиль экспрессии, полученный из массивов экспрессии в этом простом примере, достаточно достоверен, так как содержит 800 показателей экспрессии.

В реальном эксперименте по профилированию экспрессии могут анализироваться сотни образцов по экспрессии всех генов человека, что быстро создает огромные массивы данных, содержащих миллионы значений величины экспрессии. Необходимость организации и анализа данных для получения ключевой информации вызвало проблемы, потребовавшие развития сложных статистических и биоинформационных инструментальных средств. Используя эти средства, можно так организовать данные, чтобы найти группы генов с согласованной экспрессией. Группировку генов по их экспрессии в образцах называют кластеризацией.

профилирование экспрессии генов опухоли

Кластеры экспрессии генов затем могут тестироваться для нахождения корреляции с конкретными характеристиками интересующих образцов. Например, профилирование может указать, что группа генов с коррелирующими профилями экспрессии чаще выявляется в образцах из опухоли А, но не из опухоли В, тогда как другая группа генов с коррелирующими профилями, наоборот, чаще присутствует в образцах опухоли В, но не А.

Гены, экспрессия которых согласуется друг с другом и с конкретным набором образцов, составляют сигнатуру экспрессии этих образцов.

Профилирование экспрессии генов для описания опухолей может оказаться полезным по нескольким причинам.

• Во-первых, это резко увеличивает возможности различать опухоли, дополняя стандартные критерии, применяемые патологами, например гистологическую картину, цитогенетические маркеры и экспрессию специфических маркерных белков.

Если различные сигнатуры для разных типов опухолей (например, опухоль А по сравнению с опухолью В) определяются известным образом, образец экспрессии неизвестной опухоли затем можно сравнить с сигнатурами экспрессии опухолей А и В и классифицировать его как А-подобный, В-подобный или никакой, в зависимости от того, насколько хорошо его профиль экспрессии соответствует сигнатурам опухолей А и В.

• Во-вторых, разные сигнатуры могут коррелировать с разными клиническими результатами, например прогнозом, ответом на терапию или любыми другими интересующими результатами. Если это подтвердится, такие сигнатуры могли бы быть использованы для помощи в выборе лечения у вновь диагностированных пациентов.

• В-третьих, кластеризация может выявить прежде не предполагаемые функциональные взаимосвязи генов, включенных в процесс болезни, что окажется немаловажным для теоретических исследований.

- Читать далее "Профилирование экспрессии генов при диагностике лимфом"


Оглавление темы "Генетика опухолей":
  1. Прогрессирование опухоли. Развитие рака
  2. Профилирование экспрессии генов и кластеризация сигнатур опухоли
  3. Профилирование экспрессии генов при диагностике лимфом
  4. Профилирование экспрессии генов для прогноза рака молочной железы
  5. Опухоль и окружающая среда. Влияние радиации, химических канцерогенов на развитие опухоли
  6. Персонализированная генетическая медицина. Анамнез и наследственные болезни
  7. Генетический скрининг. Генетическая ассоциация болезни
  8. Неонатальный скрининг: возможности, эффективность
  9. Тандемная масс-спектрометрия в генетическом скрининге. Возможности
  10. Генетическая эпидемиология: задачи, методы
Загрузка...

   
MedUniver.com
ICQ:493-344-927
E-mail: reklama@meduniver.com
   

Пользователи интересуются:

Будем рады вашим вопросам и отзывам:

Полная версия сайта