Поражение пищевода вирусом простого герпеса наблюдают редко, за исключением случаев заболевания у ВИЧ-инфицированных. Данное состояние можно распознать с помощью рентгеновского метода, однако его легче выявить эндоскопически, особенно при наличии неповрежденных везикул, в противном случае можно наблюдать картину неспецифического эрозивного эзофагита. При отсутствии везикул необходимо подтверждение диагноза с помощью биопсии.
При эзофагите цитомегаловирусной природы можно наблюдать обширное глубокое язвенное поражение слизистой оболочки, которое иногда принимают за злокачественное. Рентгеновская картина может быть неоднозначна, однако подтвердить диагноз можно с помощью гистологического исследования (с применением иммуногистохимии или без нее) при обнаружении вирусных включений и соответственной воспалительной реакции.
Волосатоклеточная лейкоплакия ротовой полости (встречают в основном у ВИЧ-инфицированных) может распространяться на пищевод, провоцируя развитие одинофагии или дисфагии. Данное состояние можно наблюдать при инфекции вирусом Эпштейна—Барр. Эзофагит при ВИЧ также может существовать при отсутствии вторичной инфекции.
Хотя способность папиллом к злокачественному перерождению в других органах считают низкой, папилломавирусные повреждения пищевода — предмет пристального внимания. Они неотличимы от прочих доброкачественных полипов эндоскопически, но имеют гистологические различия.
Клиническая картина и эндоскопические признаки инфекционного эзофагита схожи с таковыми при болезни Крона; при постановке диагноза следует обратить внимание на поражение болезнью Крона других органов и/или выявление гранулем при гистологическом исследовании.