В структуре альфавирусов выявлено три антигенных домена, ответственных за видовую специфичность, внутригрупповые и внутриродовые связи. Два из них локализованы в структурных белках оболочки, один — связан с белком нуклеокапсида. Белки оболочки и нуклеокапсида антигенно не связаны между собой. За нейтрализующую активность альфавирусов ответственны гликопротеины Е1 и Е2.
На гликопротеинах Е1 и Е2 идентифицированы соответственно четыре и три эпитопа нейтрализации. Моноклональные антитела к нейтрализующим эпитопам Е2 обладали более выраженным профилактическим действием, чем антитела к нейтрализующим эпитопам Е1.
Нейтрализующие антитела к белку Е2 вируса леса Семлики не реагировали в РТГА и РСК. Установлено участие Е1 вируса Синдбис в клеточном иммунном ответе. Так, антитела к белку Е1 не нейтрализовывали вирус, но оказывали протективное действие в результате зависимого от антител цитолиза инфицированных клеток. Пепломеры вируса леса Семлики, ответственные за сплавление оболочки вириона с клеточной мембраной, состоят из двух трансмембранных белков Е1 и Е2, а также белка Е3, расположенного на поверхности вириона.
В гликопротеинах Е1 и Е2 вируса ВЭЛ идентифицировано по пять сайтов связывания МАТ.
Сайт Е1-1 обеспечивает индукцию протективных антител и участвует в формировании иммунитета. Антигенные и иммуногенные свойства субъединиц альфавирусов изучены на примере вируса леса Семлики. Гликопротеин шипиков оболочки получали в трех формах: в виде мономеров (4,5S), октамеров (29S) и «виросом». 10 мкг фракции 29S обеспечивали выраженный иммунитет у мышей. Аналогичной активностью обладал препарат из «виросом», тогда как 4,5S структуры оказались слабоиммуногенными. Выработка ВН-антител на указанные компоненты соответствовала их иммуногенной активности. Вакцина из белковых субъединиц оболочки вируса ВЭЛ обладала иммуногенными свойствами.
Изучение гомологии нуклеиновых кислот различных альфавирусов показало, что у антигенно тесносвязанных вирусов она составляет 13%, у других вирусов этого рода - не менее 1%. Наличие серологического родства при ограниченной гомологии генома можно объяснить исходя из допущения, что антигенные детерминанты ограничены небольшим количеством аминокислот. Действительно, как показали исследования с моноклональными антителами, большинство альфавирусов сходны по участкам консервативного эпитопа на нуклеокапсидном белке. К немногим исключениям из этого правила относится вирус ВЭЛ.
Между вирусами энцефаломиелита лошадей (ЭМЛ) существует перекрестный иммунитет. Лошади, иммунные к вирусу восточного ЭМЛ, оказались полностью устойчивыми к вирусу ВЭЛ, а иммунные к вирусу западного ЭМЛ — частично защищенными против ВЭЛ [1613]. За антигенный перекрест вирусов ВЭЛ и восточного ЭМЛ ответственны сайты Е1 -1, Е1-3 и Е1-5. Эпитопы гликопротеина Е1 ВЭЛ антигенно сходны с эпитопами белка Е вируса клещевого энцефалита.
Вирус краснухи (рубивирус) антигенно не связан ни с одним из вирусов семейства и классифицируется как тогавирус исключительно на основе структуры.
Сферические частицы диаметром 60—70 нм. Нуклеокапсид 30—35 нм в диаметре окружен оболочкой клетки хозяина. Все штаммы слабо температурочувствительны, урожай вируса при 35°С больше, чем при 37°С. Вирус краснухи размножается более медленно, чем альфавирусы: эклипс фаза длится 10—12 часов, максимальное накопление через 30—48 часов и составляет 10 ИД50 на 1 клетку, тогда как у вируса Синдбис эти показатели соответственно равны 4 и 8 часам и 104ИД50 на 1 клетку.
Структурные белки оболочки вируса краснухи транслируются в виде полипротеина (р 110), в результате расщепления которого образуются капсидный белок (33 кД) и два гликопротеина Е1 (58 кД) и Е2 (42-47 кД).
В гликопротеине Е1 вируса краснухи обнаружено три эпитопа, связанных с ГА-активностью и нейтрализацией вируса антителами. Они расположены в области аминокислот 245—285 белка Е1.
Для краснухи характерен длительный иммунитет после первичной вакцинации.
На Тайване при заболевании людей гепатитом Е изучали возможную причастность свиней к данному заболеванию. Штаммы вируса гепатита Е, выделенные от человека и свиней, относились к одной филогенетической группе и позволили заключить, что свиньи могут служить резервуаром данного вируса.