Одновременно с цитологическим анализом целесообразно исследовать состав микрофлоры и чувствительность ее к антибиотикам. Состав микрофлоры во многом зависит от обеззараживающих свойств содержимого полостей ЛОР-органов и является показателем функциональной способности слизистой оболочки. Содержимое из исследуемой полости забирают обычно стерильным тампоном и переносят в пробирку с питательной средой (мясопептонно-сахарный бульон, изотонический раствор хлорида натрия и т.д.).
Состав питательной среды зависит от методик, которыми владеет лаборатория. Специальная питательная среда, например Сабуро, используется при исследовании содержимого полостей ЛОР-органов на присутствие грибков.
Чувствительность микрофлоры к антибиотикам определяется методом стандартных дисков. Процесс определения видового состава микрофлоры и чувствительности ее к антибиотикам довольно трудоемок и позволяет получить ответ лишь через 4—5 суток. Только тогда врач может воздействовать на очаг конкретными антибиотиками, уже зная чувствительность к ним выделенной микрофлоры.
До получения результатов врач назначает антибактериальную терапию, основываясь на медицинскую литературу, в которой приводятся сведения о наиболее часто встречающихся микроорганизмах в очагах поражения различных органов и чувствительности к антибиотикам наиболее распространенных штаммов микробов.
По получении ответа из лаборатории вносятся коррективы согласно антибиотикограммам.