До конца 1980-х годов микроспоридии — облигатные внутриклеточные простейшие — редко считали возбудителями заболеваний у человека. Затем было доказано, что при СПИДе они вызывают хроническую диарею так же часто, как и криптоспоридий. Большая часть заболеваний вызвана видом Enterocytozoon bieneusi.
Диагноз устанавливают на основании гистологического исследования биоптатов, несмотря на то, что существует метод определения спор в кале.
Микроспоридиоз тонкого кишечника. Энтероцит при большом увеличении. На кончике ворсинки в надъядерной цитоплазме заметно скопление мельчайших бледно-синих спор Enterocytozoon bieneusi
Ранее были высказаны предложения об использовании электронной микроскопии, однако опытный патоморфолог практически всегда обнаруживает микроспоридии при окраске гематоксилин—эозином. Также используют флуоресцентные методы окраски.
Споры Enterocytozoon bieneusi (а) и споронты микроспоридии Enterocytozoon bieneusi (б), окруженные митохондриями в цитоплазме клеток хозяина. Электронная микроскопия (х 50 000).
