Системные инфекции чаще всего возникают вследствие диссеминирования возбудителя гематогенным путём. Поражений классифицируют в соответствии с биологией возбудителя.
Бактериальные системные инфекции. Наиболее часто наблюдают бактериемии и септицемии, дающие тяжёлые и опасные для жизни осложнения. Бактериемии и септицемии могут развиться в результате занесения возбудителей с загрязнённым операционным инструментарием или диссеминирования их из раны или абсцесса. Диагностика основана на выделении и идентификации возбудителя в гемокультурах.
Грибковые системные инфекции. Фунгемии, как осложнения операционных вмешательств, наблюдают относительно редко, но их возникновение часто приводит к летальному исходу. Основные возбудителя — грибы рода Candida (особенно С. albicans). Как правило, генерализованные поражения развиваются из эндогенного источника; возбудители также могут попадать в кровоток через контаминированный инструментарий либо из колоний, образовавшихся на введённых катетерах. Многие авторы рассматривают экзогенные фунгемии как оппортунистические инфекции, возникающие при нарушениях клеточных иммунных реакций. Диагностика основана на выделении и идентификации возбудителя в гемокультурах с использованием специальных сред.
Вирусные системные инфекции. Этиология большинства вирусемий остаётся неустановленной. Вирусемии могут быть инаппарантными либо (в зависимости от иммунного статуса пациента) вызывать тяжёлые поражения. Наиболее часто вирусемий диагностируют на основе клинической симптоматики после исключения возможных бактериальных и грибковых инфекций.