Третьим механизмом расщепления в клетке являются кальций и кальпаин-зависимая система. Кальпаиновая система состоит из широко экспрессированного семейства, в которое входят по меньшей мере 14 Са2+-активированных протеолитических ферментов.
Точные физиологические функции кальпаинов еще предстоит определить, но до сих пор они были вовлечены в основные клеточные процессы, включая пролиферацию клеток, подвижность клеток и апоптоз.
Генерируемые кальпаином продукты распада также играют важную роль в развитии головного мозга новорожденных и синаптической активности.
Кальпаины млекопитающих включают кальпастатин, эндогенный белок-ингибитор убиквитина, который в действительности представляет собой группу из как минимум 8 полипептидных изоформ, которые продуцируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга или использования альтернативных промоторов.
Каким образом кальпастатин регулирует в живых клетках деятельность кальпаина, не очень понятно. В скелетных мышцах и печени животных активность кальпаина и кальпастатина заметно уменьшается в период между рождением и отлучением от груди. В связи с чем это происходит, также не вполне понятно.
