Микробный биоценоз органов мочеполовой системы более скудный. Верхние отделы мочевыводящих путей обычно стерильны; в нижних отделах доминируют Staphylococcus epidermidis, негемолитические стрептококки, дифтероиды; часто выделяют грибы родов Candida, Torulopsis и Geotrichum. В наружных отделах доминирует Mycobacterium smegmatis. У 15-20% беременных женщин из влагалища выделяют Streptococcus agalactiae группы В, представляющий серьезную опасность для новорождённых в плане развития пневмоний и гнойно-септических поражений.
Наиболее активно бактерии заселяют ЖКТ; при этом колонизация осуществляется по этажам.
В желудке здорового человека микробов практически нет, что вызвано действием желудочного сока. Тем не менее отдельные виды (например, Helicobacter pylori) адаптировались к обитанию на слизистой оболочке желудка, но общее число микроорганизмов обычно не превышает 103/мл.
Верхние отделы тонкой кишки также относительно свободны от бактерий (менее 103/мл), что связано с неблагоприятным действием щелочного рН и пищеварительных ферментов. Тем не менее в этих отделах можно обнаружить кандиды, стрептококки и лактобациллы. Нижние отделы тонкой и, особенно, толстая кишка — огромный резервуар бактерий; их содержание может достигать 1012 в 1 г фекалий.
ЖКТ новорождённого можно считать стерильным; имеется незначительное число бактерий, проникших во время прохождения по родовым путям. Интенсивная колонизация ЖКТ начинается в течение первых суток внеутробной жизни; в составе микрофлоры в дальнейшем возможны вариации. У естественно вскармливаемых детей доминирует Lactobacillus bifidus; прочие бактерии представлены кишечными палочками, энтерококками и стафилококками. У находящихся на искусственном вскармливании доминируют Lactobacillus acidophilus, энтеробактерии, энтерококки и анаэробы (например, клостридии).
