Генетика
  Домой Медицинский фото атлас Психология отношений Медицинские видео ролики Медицинская библиотека Консультация врача  
Генетика:
Генетика
Аномалии хромосом
Биология клетки
Генетика врожденных пороков
Генетика рака - опухолей
Молекулярная генетика
Цитогенетика - исследование хромосом
Лечение наследственных болезней
Фармакогенетика
Рекомендуем:
Необходимое:
Книги по медицине
Видео по медицине
Фотографии по медицине
Консультации врачей
Форум
 

Полиморфизм ДНК: варианты

Огромное количество информации о последовательности ДНК, полученное в результате работы над проектом «Геном человека» от многих сотен индивидуумов во всех странах, предоставило возможность предварительно охарактеризовать типы и частоты полиморфных изменений в последовательности ДНК человека.

В результате начато формирование каталогов разнообразия последовательности ДНК человека. Полиморфизм ДНК может быть классифицирован по тому, как в разных аллелях изменяется последовательность ДНК.

Однонуклеотидный полиморфизм ДНК

Самый простой и наиболее частый вариант полиморфизма — однонуклеотидный полиморфизм (ОНП). SNP обычно имеет только два аллеля, соответствующих двум основаниям, занимающим конкретную позицию в геноме. SNP встречаются часто, в среднем в каждой 1000 пар оснований, что означает около 3 000 000 различий между любыми двумя геномами человека.

Общее число варьирующих локусов среди всех людей значительно больше и оценивается числом более 10 000 000, хотя и эта оценка, вероятно, занижена, поскольку пока еще нет полного каталога всех, особенно редких, вариантов в каждой этнический группе по всему земному шару. В популяциях разных стран уже каталогизировано много миллионов SNP.

Приблизительно 10% наиболее частых SNP отобрано в качестве маркеров для высокоточной карты генома человека, известной как карта гаплотипов (НарМар — haplotype map).

Значение огромного количества полиморфных SNP для здоровья — предмет активного исследования. То, что SNP бывают так часто, не означает, что они должны оказаться нейтральными и не оказывать влияния на здоровье или длительность жизни. Это может значить, что влияние частых SNP скорее слегка изменяет восприимчивость к болезни, чем прямо вызывает тяжелые недуги.

полиморфизм ДНК

Полиморфизм инсерций-делеций ДНК

Следующий класс полиморфизма — результат изменений, вызываемых инсерцией или делецией от 2 до 100 нуклеотидов (инделов). Число инделов измеряется в геноме сотнями тысяч. Приблизительно половина всех инделов называется простыми, поскольку они имеют только два аллеля, т.е. либо присутствие, либо отсутствие включенного или удаленного сегмента; другая половина — мультиаллельная из-за переменного числа сегментов ДНК, повторяющихся тандемно в конкретной позиции. Мультиаллельные инделы подразделяются на микросателлитные и мини-сателлитные полиморфизмы.

Микросателлиты. Микросателлиты — последовательности ДНК, состоящие из блоков длиной в два, три или четыре нуклеотида, например, TGTG... TG, СААСАА... САА или АААТАААТ... АААТ, повторяющихся от одного до нескольких десятков раз. Разные аллели при микросателлитном полиморфизме — результат различающегося числа повторов нуклеотидных блоков, содержащихся в микросателлите, поэтому их часто называют полиморфизмом коротких тандемных повторов или STRP.

Микросателлитный локус часто имеет множество аллелей (числа повторов) в популяции и может быть легко генотипирован определением размера ПЦР-фрагментов, сгенерированных праймерами, фланкирующими микросателлитные повторы. В геноме человека известны десятки тысяч микросателлитных полиморфных локусов.

Мини-сателлиты. Другой класс индел-полиморфизма вызван последовательными инсерциями переменного числа (обычно сотен тысяч) копий последовательности ДНК от 10 до 100 пар оснований, известных как мини-сателлиты. Этот класс полиморфизма имеет множество аллелей, различающихся числом тандемно повторяющихся копий мини-сателлита, так называемое переменное число тандемных повторов (VNTR).

Наиболее информативные маркеры имеют несколько десятков или больше аллелей, так что вероятность для не имеющих родственных отношений людей иметь одинаковые аллели очень мала. Хотя полагают, что большинство инделов, независимо от того, простые, они, STRP или VNTR, не имеют никакого значения для здоровья, некоторые VNTR вовлечены в развитие болезней.

Мини-сателлитные последовательности повторов, обнаруживаемые в большинстве случаев полиморфизма типа VNTR, достаточно сходны друг с другом, что делает возможным обнаружение многих локусов одновременно при использовании одного мини-сателлитного фрагмента как зонда в одном анализе блот-гибридизации по Саузерну.

Только идентичные близнецы показывают неразличимые анализы, поэтому одновременное обнаружение полиморфизма множества мини-сателлитов было одним из первых методов ДНК типирования, использованных для установления идентичности образцов. Обнаружение полиморфизма мини-сателлитов блоттингом по Саузерну в основном заменено типированием микросателлитов с помощью ПЦР. Например, Федеральное бюро расследований в Соединенных Штатах к настоящему времени использует 13 STRP-маркеров для панели типирования ДНК. Два человека (кроме монозиготных близнецов) с настолько малой вероятностью могут иметь идентичные генотипы по всем 13 локусам, что панель позволяет точно определить, происходят ли два образца от одного и того же человека.

Полиморфизм числа копий ДНК

Последняя, совсем недавно открытая форма полиморфизма у человека — полиморфизм числа копий (CNP). CNP представляет собой изменения в числе копий больших сегментов генома, в диапазоне от 200 пар оснований до почти 2 миллионов пар. CNP могут иметь только два аллеля (т.е. присутствие или отсутствие сегмента) или многочисленные аллели из-за присутствия 0,1, 2, или 3 или больше копий сегмента ДНК в тандеме. CNP выявлены только недавно, поскольку удаленный или повторяющийся участок обычно слишком мал, чтобы быть видимым при цитогенетическом исследовании, но слишком велик для обнаружения секвенированием ДНК.

Однако CNP легко обнаруживается при применении новой технологии — сравнительной матричной (чиповой) гибридизации генома. Как и для всего полиморфизма ДНК, влияние различных аллелей CNP на здоровье и восприимчивость к болезням в основном неизвестно, но интенсивно исследуется. CNP составляет основу общей изменчивости, которая окажется понятной, если будут правильно интерпретированы изменения в количестве копий, наблюдаемом у пациентов.

- Читать далее "Генетика группы крови и их полиморфизмы"


Оглавление темы "Мутации":
  1. Виды мутаций у человека. Варианты
  2. Происхождение мутаций: геномные, хромосомные, генные мутации
  3. Нуклеотидные замены: миссенс-мутации
  4. Делеции и инсерции: виды, последствия
  5. Динамические мутации. Оценка частоты мутаций
  6. Номенклатура мутаций. Принятые обозначения
  7. Половые различия в частоте мутаций
  8. Генетический полиморфизм. Геномика персонализированной медицины
  9. Полиморфизм ДНК: варианты
  10. Генетика группы крови и их полиморфизмы
Загрузка...

   
MedUniver.com
ICQ:493-344-927
E-mail: reklama@meduniver.com
   

Пользователи интересуются:

Будем рады вашим вопросам и отзывам:

Полная версия сайта