Номенклатура генетических мутаций. Обозначение мутаций генов
Важнейшим элементом номенклатуры генных мутаций является общепринятое краткое обозначение каждой из 20 аминокислот, входящих в состав белка. Оно может осуществляться либо путем записи 3 ключевых букв английского названия аминокислоты, либо условным однобуквенным символом. Современная номенклатура предполагает преимущественное использование однобуквенных обозначений аминокислот.
Для обозначения мутаций используется стандартизованная нумерация аминокислот в белке и нук-лео гидов в составе гена. Отсчет аминокислот ведется с первого положения в полипептидной цепочке, отсчет нуклеотидов начинается с первого нуклеотида в составе первого смыслового кодона и ведется на протяжении всей кодирующей области (исключая нитроны). Нуклеотиды, находящиеся в составе экзонов, обозначаются заглавными буквами (А, Т, С, G), в составе интронов - маленькими (a, t, с, g).
Нуклеотиды, входящие в состав интронов или других некодирующих областей гена, нумеруются исходя из их расположения по отношению к ближайшему экзону: если нуклеотид расположен левее экзона (т.е против рамки считывания), он записывается со знаком «-», если он находится правее экзона (вдоль рамки считывания), он записывается со знаком «+». Например, запись «-3» означает третий нуклеотид слева от начала первого экзона (т.е. от первого кодирующего нуклеотида); запись «15—1» означает первый интронный нуклеотид слева от экзона, начинающегося 15-м нуклеотидом; запись «34+3» означает третий нуклеотид интрона, следующего за экзоном, оканчивающимся 34-м нуклеотидом.
Запись мутаций может осуществляться как посредством обозначения нуклеотидных изменений в ДНК, так и посредством обозначения изменений аминокислотного состава белка (в тех случаях, когда такое изменение имеет место). В случае первого описания в литературе определенной мутации ее обозначение должно даваться как в нуклеотидной, так и в аминокислотной системе записи (если это возможно).
Относительно несложной является регистрация точковых мутаций. Для записи нуклеотиднои замены приводятся номер мутировавшего нуклеотида, обозначение исходного нуклеотида и (через стрелку) -обозначение нового нуклеотида, например: 236G—»T (замена G на Т в положении 236 экзона); 1174+3 А->С (замена А на С в 3-м положении интрона, примыкающего справа к 1174-му нуклеотиду экзона) и т.д. Когда известна полная геномная последовательность, интронные мутации могут обозначаться символом «IVS» и номером соответствующего интрона. Так, если в указанном выше примере 1174-й нуклеотид замыкает 5-й экзон, то предствленная интронная мутация может быть обозначена как IVS5+3A—»C (замена А на С в 3-м положении 5-го интрона).
