Ген SMN при спинальной амиотрофии. Гомозиготность по гену SMN
Исследование гена SMN открыло возможность проведения прямой ДНК-диагностики аутосомно-рецес-сивной спинальной амиотрофии детского возраста. Основной технической проблемой при этом является необходимость дифференцировать теломерную (значимую) копию SMN от гомологичной центромерной копии. Нуклеотидные последовательности теломерной и центромерной копий гена SMN практически идентичны, за исключением 7-го и 8-го экзонов: по каждому из этих экзонов SMNT отличается от SMNC на один нуклеотид [Lefebvre S. et al., 1995].
Указанные различия нуклеотидного состава SMNT и SMNC позволяют дифференцировать эти гены с помощью сравнительно простого мето да, предложенного van der Steege G. с соавт. в 1995 году. Метод основан на использовании рестрикционных эндонуклеаз, имеющих сайты распознавания в указанных вариабельных участках 7-го и 8-го экзонов SMN. Данные ферменты расщепляют амплифицированные экзоны SMNC на более короткие фрагменты, тогда как для тех же экзонов SMN рестрикция невозможна.
Таким образом, отсутствие SMNt-специфичных фрагментов ДНК позволяет установить гомозиготную делению гена SMNt и тем самым диагностировать аутосомно-рецессивную проксимальную спинальную амиотрофию (формы Верднига-Гофмана, Кугельберга-Веландер или «промежуточный» вариант болезни).
Как указывалось выше, у небольшого числа больных (<2%) на одной из мутантных хромосом может иметь место не полная деления гена SMNT, а точковая мутация в нем, в связи с чем ПЦР-продукт данного аллеля будет визуализироваться на электрофореграмме. В этих случаях для ДНК-диагностики болезни необходимо определение дозы гена SMNT, т.е. доказательство наличия у больного одной копии SMNT по сравнению с двумя копиями данного гена в контрольных образцах.
Для анализа дозы гена требуется постановка реакции в особых стандартизированных условиях (количественная ПЦР): отсутствие одной копии SMNT может быть определено либо визуально - на основании вдвое меньшей интенсивности окрашивания соответствующего фрагмента ДНК по отношению к норме, либо с помощью компьютерного анализа относительной площади флюоресценции пиков ДНК.
Для этой же цели может использоваться денситометрия радиоавтографа, полученного при проведении блот-гибридизации. С практической точки зрения, выявление половинной дозы гена SMNT (т.е. его делеции в гетерозиготном состоянии) позволяет, при наличии соответствующей клинической картины, с высокой степенью вероятности склониться к диагнозу аутосомно-рецессивной 5ql3-сцепленной спинальной амиотрофии. Однако достоверная диагностика в этом случае возможна только при условии идентификации точковой мутации во втором аллеле гена.
Наш собственный 4-летний опыт проведения прямой ДНК-диагностики данных заболеваний в семьях из европейской и центральной части России показал, что при анализе строго отобранной серии классических форм спинальной амиотрофии более чем в 90% случаев выявляется гомозиготная деления 7-го и 8-го экзонов гена SMNT. Это соответствует данным большинства авторов и позволяет заключить, что в нашей стране данный тип мутации также является ведущей причиной развития аутосомно-рецессивной спинальной амиотрофии детского возраста.
Таким образом, сравнительно простая ДНК-диагностика спинальной амиотрофии возможна в абсолютном большинстве случаев данного заболевания. Следует отметить, однако, что в отдельных популяциях (особенно характеризующихся высоким уровнем инбридинга и «эффектом основателя») соотношение основных типов мутаций может иметь существенные особенности. Так, нами совместно с канд. мед. наук Г.Х. Багыевой в 1998-1999 гг. были обследованы 8 семей с аутосомно-рецессивной спинальной амиотрофией из Ахалского велаята Туркменистана: гомозиготная делеция 7-го и 8-го экзонов гена SMNF была выявлена лишь в 2 семьях, что может свидетельствовать о накоплении других мутаций SMNT либо о генетической гетерогенности данного заболевания в туркменской популяции.