Чумная палочка содержит О-антиген (эндотоксин), похожий на антиген многих грамотрицательных бактерий, токсичный для животных и человека. Липополисахаридно-белковые комплексы О-антигена классифицируют на основе химических и антигенных характеристик на «гладкие» (S) и «шероховатые» (R); последние — общие для Y pseudotuberculosis и Y. pestis.
Также выделяют разнообразные (до конца не исследованные) антигены, роль которых как факторов вирулентности неясна.
Фракция 1 (F1-антиген чумы) представлена поверхностным пликопротеиновым антигеном (капсульным антигеном). Она предохраняет бактерии от поглощения фагоцитами и, не оказывая токсического действия, проявляет иммуногенные свойства.
Активатор плазминогена чумы — протеаза, активирующая лизис фибриновых сгустков, препятствующих диссеминированию возбудителя, и инактивирующая С3b и С5а компоненты комплемента.
V/W (Vi)-антиген чумы состоит из белка (V-фракции) и липопротеина (W-фракции). Он проявляет антифагоцитарные свойства и способствует внутриклеточному размножению бактерий. Штаммы, содержащие только V/W-Ar, вирулентны для мышей.
Мышиный токсин чумы — антагонист адренергических рецепторов, представлен белковоподобным веществом, локализованным внутриклеточно; LD50 для мышей менее 1 мг (также токсичен для крыс), вызывает шок и смерть лабораторных животных.