Для точной этиологической диагностики острой кишечной инфекции решающим является обнаружение возбудителя в рвотных массах, промывных водах желудка, испражнениях и остатках пищи, подозреваемой в качестве фактора заражения. Очень важно как можно раньше взять материал для бактериологического исследования. При спорадических кишечных инфекциях, вызываемых условно-патогенными бактериями , в связи с частым обитанием последних в кишечнике человека и развитием дисбактериоза находки их только в фекалиях не могут иметь диагностического значения: этиологически доказательным участие УПБ становится только при их преобладающем росте в остром периоде болезни и уменьшении их количества ко времени выздоровления.
При сальмонеллезах достоверным является обнаружение возбудителя в фекалиях, моче и крови Посев крови на гемокультуру следует проводить на протяжении всего лихорадочного периода. Посевы промывных вод желудка оправданы при использовании для промывания желудка физиологического раствора, кипяченой воды, но не раствора перманганата калия или соды. Большая частота посевов исследуемого материала в начале болезни повышает процент положительных результатов. Посуду для взятия материала стерилизуют кипячением. Полученный материал без промедления доставляют в бактериологическую лабораторию, где немедленно проводят посевы.
Набор питательных сред должен быть максимально широким, позволяющим выделять различные виды возбудителей кишечной инфекции. При отсутствии роста патогенных бактерий оправданы вирусологические исследования. Уточнение этиологии вирусных диарей важно в случаях их массового возникновения. При направлении материала следует указать клинический диагноз и наиболее яркие клинические симптомы у данного больного, что важно для целенаправленного поиска возбудителя. Поиск возбудителей кишечных заболеваний даже в условиях хорошо оснащенных современных бактериологических лабораторий все еще малорезультативен.
Этиологическая расшифровка острой кишечной инфекции не выходит за рамки 40-60%. Во время эпидемических и крупных локальных вспышек ОКИ показатель бактериологического подтверждения диагноза несколько возрастает, но никогда не достигает 100%. В нозологической расшифровке диарейных заболеваний огромная роль принадлежит всестороннему клиническому обследованию больного Решающее значение порой имеют не данные лабораторных анализов, включая обнаружение или отсутствие того или иного возбудителя, а результаты клинического течения болезни, которые позволяют врачу самостоятельно сформулировать диагноз.
Помимо бактериологического исследования, необходима серологическая диагностика. При сальмонеллезах хорошо зарекомендовала себя реакция непрямой гемагглютинации (РНГА)с сальмонеллезными эритроцитарными диагностикумами. При пищевой токсикоинфекции, вызванных УПБ, используется реакция агглютинации с аутоштаммами возбудителей (кровь берут в разгар заболевания и через 5-7 дней от начала болезни), но результаты ее малодостоверны. Наблюдаются случаи, когда выделение шигелл и сальмонелл у больных неспецифическим язвенным колитом (НЯК) и другими болезнями кишечника, особенно онкозаболеваниями, продолжается многие недели и даже месяцы.
Это не должно быть основанием для обязательной постановки во всех случаях диагноза хронической дизентерии или сальмонеллеза Вегетированию экзогенных бактерий в этих случаях способствует наличие некротических масс в кишечном содержимом при непрерывно текущем хроническом воспалении (нозопаразитизм патогенных бактерий). Однократный высев сальмонелл и даже шигелл у больных колитами другой этиологии может быть транзиторным бактериовыделением или постинфекционным бактерионосительством. Таким образом, клиническая диагностика всегда должна быть решающей.